温州市气象局的机构规格为正处级，其机构设置如下：
（1）内设机构
温州市气象局内设办公室(政策法规科、雷电防御管理办公室)、业务科技科、人事教育科、计划财务科（科技服务科）4个职能科（室），机构规格均为正科级。另设：温州市气象行政执法支队与温州市气象局财务核算中心，分别挂靠办公室与计划财务科。
（2）直属事业单位
温州市气象局直属科级事业单位4个：
温州市气象台(温州市海洋气象台)、温州市气象信息中心（温州市专业气象台）、温州市气象网络中心（浙江农网温州分中心）、温州市防雷中心。
（3）县（市）气象局（站）
温州市气象局下设9个县（市）气象局（站）：
温州国家气象观测站、温州气象雷达站、乐清市气象局、永嘉县气象局、洞头县气象局、瑞安市气象局、平阳县气象局、文成县气象局、泰顺县气象局，其机构规格均为正科级。
⒉地方气象机构
经地方编委批准成立，由温州市气象局及下属县（市）气象局管理的地方机构：
温州市防雷设施检测所：由温州市编制委员会批准的自收自支的事业单位，人员编制在内部调剂解决,与温州市防雷中心合署办公。
文成县防雷设施检测所：由文成县编制委员会批准的自收自支的事业单位，人员编制在内部调剂解决，隶属文成县气象局管理。
洞头县避雷检测所：由洞头县编制委员会批准的自收自支的事业单位，隶属洞头县气象局管理。
永嘉县防雷设施检测所：由永嘉县编制委员会批准的自收自支的事业单位，隶属永嘉县气象局管理。
平阳县防雷设施检测所：由平阳县编制委员会批准的自收自支的事业单位，隶属平阳县气象局管理。
乐清市防雷设施检测所：由乐清市编制委员会批准的自收自支的事业单位，隶属乐清市气象局管理。
泰顺县防雷设施检测所：由泰顺县编制委员会批准的自收自支的事业单位，隶属泰顺县气象局管理。
瑞安市防雷设施检测所：由瑞安市编制委员会批准的自收自支的事业单位，人员编制在内部调剂解决，隶属瑞安市气象局管理。
