南京位于长江下游中部富庶地区，江苏省西南部。地理坐标为北纬31°14″至32°37″，东经118°22″至119°14″。市中心新街口地理坐标为北纬32°02'38"、东经118°46'43"。总面积6597k㎡（不含水域），截至2012年建成区面积752.83k㎡。
南京山水城林融为一体，江河湖泉相得益彰。长江穿城而过，沿江岸线总长近200公里。紫金山风景绝佳，幕府山气势雄伟，秦淮河、金川河萦绕其间，玄武湖、莫愁湖点缀城中，水域面积占总面积的11%以上。全市林木覆盖率26.4%，建成区绿化覆盖率45%，人均公共绿地面积13.7平方米，在全国位居前三甲，是中国四大园林城市之一。
南京属亚热带季风气候，雨量充沛，年降水1200毫米，四季分明，年平均温度15.4°C，年极端气温最高39.7°C，最低-13.1°C，年平均降水量1106毫米。春季风和日丽；梅雨时节，又阴雨绵绵；夏季炎热，秋天干燥凉爽；冬季寒冷、干燥。
南京春秋短、冬夏长，冬夏温差显著，四季各有特色，皆宜旅游。因此就有了“春游牛首烟岚”、“夏赏钟阜晴云”、“秋登栖霞胜境”、“冬观石城霁雪”之说，由于大气环流的变化以及南京不断的植树造林，南京夏天的炎热程度与江南、华南其他都市相比大为减轻，故有为南京摘去“火炉”帽子的说法。
历史上南京既受益又罹祸于其得天独厚的地理位置和气度不凡的风水佳境，过去曾多次遭受兵燹之灾，但亦屡屡从瓦砾荒烟中重整繁华。且在中原被异族所占领，汉民族即将遭受灭顶之灾时，通常汉民族都会选择南京休养生息，立志北伐，恢复华夏。大明、民国二次北伐成功；东晋、萧梁、刘宋三番北伐功败垂成。南宋初立，群臣皆议以建康为都以显匡复中原之图，惜宋高宗无意北伐而定行在于杭州，但迫于舆论仍定金陵为行都。即使太平天国以南京为都，亦以驱除异族统治为动员基础和合法性之一。所以南京被视为汉族的复兴之地，在中国历史上具有特殊地位和价值。故朱偰先生在比较了长安、洛阳、金陵、燕京四大古都后，言“此四都之中，文学之昌盛，人物之俊彦，山川之灵秀，气象之宏伟，以及与民族患难相共，休戚相关之密切，尤以金陵为最。”
