农药有酸性、碱性之分，在不明确性质情况下混合，会导致农药失效。
农药多数都是复杂的有机化合物，即使是同为酸性或同为碱性的农药，有些化学基团会在混合后发生反应，生成其它未知的化合物，在作物上使用则不能保证安全和有效。如磺酰脲类的烟嘧磺隆不宜与有机磷类的农药混合使用。
无机化合物的农药如果有可能发生化合，造成药害的也不宜混合使用。如石硫合剂和波尔多液，就不宜混合使用。
市面上销售的商品化的农药一般都已被加工成各种剂型，农药主成分可以混用的，如果剂型不同也存在问题，例如乳油产品与，含钙农药或填料中含有钙质的可湿粉，混合后可能会造成乳化效果变差，甚至发生大量凝聚沉淀的情况，严重影响药效发挥。
还有目前有些生物制剂的杀虫剂，如白僵菌、青虫菌、杀螟杆菌等，不可以和杀菌剂混合使用。核多角体病毒制剂的杀虫剂不可以和抗病毒剂混用。
因此，农药的混合使用需要视品种和类型有针对性的判断是否可以混合使用。合理的混合使用有时能使农药产生增效作用，发挥出比单一使用两者更好的效果。例如有机磷类的毒死蜱乳油和菊酯类的高效氯氰菊酯乳油混合使用就可以表现出增效作用，混用比单用两种农药分别使用药效提高许多。
