厦门市气象部门的管理体制和机构，随着整个经济、社会和气象工作任务的变化而不断发展和完善。目前，厦门市气象局设5个处室（办公室、业务科技处、计划财务处、人事教育处、政策法规处）、4个直属单位（厦门市气象台（厦门市海洋气象台）、厦门市专业气象台、厦门市防雷中心（厦门市避雷监测技术中心）、厦门市气象局后勤服务中心）、2个区气象局（同安区气象局、翔安区气象局（筹建中））。
长期以来，厦门市气象部门坚持重点做好为各级党政军领导的防灾抗灾决策性气象服务，以及为农业生产、城市建设、重点工程建设、国防军事、大型社会活动的气象服务、逐步拓宽了服务领域，改善服务手段，增强服务内容，为保障人民生命财产安全、促进特区经济发展、国防建设作出了积极的贡献。
重大灾害性天气的预报与服务是厦门气象局重中之重。特别是每次台风影响期间，局台领导都亲自市防汛抗旱指挥部，以贴身服务的方式为市领导提供图文并茂的服务材料和现场讲解。同时还多渠道、多形式开展公众气象服务，在台风影响期间，在每天“气象连线直播”节目中增加每小时“防御台风特别电视节目”，并与广播电台进行每小时连线直播；利用短信发布平台为市党政军各级领导提供台风信息短信，利用市农村信息平台为农村朋友免费提供台风信息短信，“12121”气象自动答讯、厦门气象网站、移动电视，每天各报纸媒体的气象信息，也都成为向广大市民提供便利、快捷气象信息的渠道。
近年来，随着厦门经济快速发展，重大社会活动也明显增多，气象保障任务越来约繁重。气象部门根据市委、市政府和社会需求，认真做好气象服务保障工作，如一年一度的厦门国际马拉松比赛、厦门市“9.8”国际投洽会期间，市气象局都精心准备，为组委会提供天气气候展望，中短期天气预报和短时精细天气预报。近年的台交会、高考中考、第六届全国农民运动会、龙舟比赛等重大活动，以及元旦、春节、清明、中秋国庆等节日的气象保障服务中，我局都提前介入，采取专项服务、跟踪服务、现场服务或新闻发布会等方式，出色地做好气象保障服务工作。
厦门气象事业有一支具有强烈事业心、高度责任感、作风严谨、技术优良、具有艰苦奋斗精神的专业队伍。厦门市气象部门一直把队伍的思想政治建设作为重点，坚持“两手抓，两手都要硬”的方针，精神文明建设不断加强。市气象局后勤保障中心、厦门市气象台、同安区气象局为市级文明单位、厦门市防雷中心、厦门市专业气象台为市直机关文明单位。在2009年1月20日中央召开的“全国文明建设表彰大会”上，厦门市气象局荣获“全国文明单位”称号。
