宁德市设9个县（市）气象局（台、站），机构规格为正科级。其中福鼎、宁德、屏南、霞浦、寿宁5个为国家基本气象站，由宁德市气象局统一管理，设置在县级行政区域的国家基本气象站与所在行政区域的县级气象局实行局、站合一。福安、古田、周宁、柘荣4个为国家气象观测站，设置在县级行政区域的国家气象观测站与所在行政区域的县级气象局实行局、站合一；三沙1个为国家气象观测站，以海洋观测项目为主，为独立科级单位。
宁德市气象局内设办公室、业务科技科、政策法规科、人事教育科4个职能科（室）。宁德市气象台、宁德市防雷中心、宁德市气象局科技服务中心、宁德市信息网络与装备保障中心4个直属单位。截至2009年底，全市气象部门在职人员总数138人，离退休51人。在职人员中，硕士2人，本科54人，大专52人；高级工程师6人，工程师54人，助理工程师68人。
