滁州市气象局全市气象部门的领导机构,机构规格为正处级,市局由局机关和直属事业单位构成,其中局机关内设3个管理科室:办公室(计划财务科)、业务科技科(政策法规科)、人事教育科(监察审计室);直属事业单位5个:市气象台(人工影响天气办公室)、市农村综合经济信息中心(市影视中心)、市气象科技服务中心(市防雷中心)、市国家气象观测站(一级站)、滁州市气象局财务核算中心。
1997年,成立滁州市防雷减灾局与滁州市气象局一个机构,两块牌子,在安徽省气象局和滁州市政府的双重领导下开展工作。1999年,经滁州市编制委员会批准,设置滁州市农村综合经济信息中心。